mtx文件是按照稀疏矩陣格式存儲(chǔ)的矩陣數(shù)據(jù)，可以按照以下步驟讀?。?/p>
1、安裝scanpy包
2、文件讀取
import scanpy as sc
adata = sc.read(filename)
data = adata.X
第一行read之后返回的是annData，第二行通過.X操作得到的是矩陣數(shù)據(jù)
3、轉(zhuǎn)換為稠密矩陣
直接得到的矩陣是稀疏形式的，通過todense函數(shù)可轉(zhuǎn)換為稠密矩陣
補(bǔ)充：python讀取各種文件方式
Json：
use_time=[]
with open(address,'r') as f: #ubuntu
mobile = json.load(f)
calls = mobile["transactions"][0]["calls"]
for call in calls:
use_time.append(str(call['use_time']))
Excel：
rawdata1=open_workbook(address)
rawdata=rawdata1.sheet_by_index(0)
for i in range(1,rawdata.nrows):
if rawdata.cell(i,date_index).value=="": #跳過空行
continue
else:
if ctype==3: #若為3，則用datetime模塊處理日期
date1=rawdata.cell(i,date_index).value
date2 = xldate_as_tuple(date1,0)
date3=datetime(*date2)
if "." in str(rawdata.cell(i,phone_index).value):
phone1=str(rawdata.cell(i,phone_index).value)[:-2]
else:
phone1=str(rawdata.cell(i,phone_index).value)
寫EXCEL：
Excel_file = xlwt.Workbook()
sheet = Excel_file.add_sheet('sheet0')
header=[u'號(hào)碼','日期top1','日期top2','日期top3']
#寫入標(biāo)題行：
for i in range(len(header)):
sheet.write(0,i,header[i])
#開始按行寫入數(shù)據(jù)：
for i in range(len(phonelist)):
sheet.write(i+1,0,phonelist[i])
sheet.write(i+1,1,dic[str(phonelist[i])])
#保存EXCEL：
Excel_file.save("C:/Users/Desktop/100個(gè)文件輸出xls/"+str(fileName)+".xls")
CSV：
rawdata=pd.read_csv(address,skip_blank_lines=True) #參數(shù)為去除空行
if 'start_time' or 'begin_time' in rawdata.columns:
if 'start_time' in rawdata.columns:
start_time=rawdata['start_time']
elif 'begin_time' in rawdata.columns:
start_time=rawdata['begin_time']
txt：
rawdata=open(address,'r')
i=0
a=[] #c存放第一行的列名
for line in rawdata:
if i==1: #默認(rèn)第二行開始存儲(chǔ)通話數(shù)據(jù)
a=line.split(',') #逗號(hào)作為分隔符
for j in range(len(a)): #查找指定列名所在的列下標(biāo)
if (('-' in str(a[j]))or('/' in str(a[j]))): #判斷日期所在列數(shù)
date_index=j #保存日期的列下標(biāo)
elif str(a[j]).isdigit() and len(str(a[j]))>5: #默認(rèn)全為數(shù)字組成的字符串為電話號(hào)碼
phone_index=j
else:
pass
break
else:
i+=1
i=0
for line in rawdata:#開始轉(zhuǎn)存數(shù)據(jù)：
if len(line)10: #跳過空行
continue
data_line=line.split(',') #txt默認(rèn)以','分隔數(shù)據(jù)
if i==0:
pass #第一行為列名，跳過
i+=1
else: #從第二行開始保存數(shù)據(jù)
start_time.append(data_line[date_index])
以上為個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，希望能給大家一個(gè)參考，也希望大家多多支持腳本之家。如有錯(cuò)誤或未考慮完全的地方，望不吝賜教。
